Az egyesület nem a rendszerváltás teremtette lehetőségében született, de akkor éledt újra. Az eredete a XIX század végére nyúlik vissza.

Az ipari és a francia forradalom után, minden területén az életnek a szekularizáció figyelhető meg, előremutató és számtalan káros következményével. A természettudományos gondolkodás, fejlődése robbanásnak indult, ugyankkor a hit, a szellem és erkölcs nem tudta ezt kellőképpen követni.

Az 1884-ben egy francia orvosban La Bele-ben, aki az is mert Claude Bernard élettanász tanítványa volt vetődött fel a gondolat, miszerint a gyógyítás munkájának folyamata során a hívő orvosoknak nemcsak a betegek úgymond fizikai, biológiai egészségével, hanem a lelki üdvével is foglalkozniuk kellene. Rendszeresen kezdtek beszélgetni és találkozni, és ebben a szellemben dolgozni, azok az orvosok, akik hasonlóan gondolkodva megérezték ezt a hiányt.

La Bele a franciaországi Mans-ban létrehozta az első katolikus orvosi egyesület, amelyet az orvos evangélistáról, Szent Lukácsról és orvos szentekről, Kozmáról, és Damjánról neveztek el. Ezután előbb Európában, majd fokozatosan valamennyi földrészen számos hasonló egyesület alakult. Megvalósítva ezzel XIII. Leó pápa “Humanae Genus” (1884.ápr. 20.) kezdetű encyklikájának kérését.

XI Pius Pápa kezdeményezésére az Európában és más földrészeken létrehozott egyesületek összefogására egy titkárságot hozott létre. Az 1930-ban Budapesten rendezett Katolikus Orvosegyesületek talákozója után a koordináló titkárság létrehozta a FIAMC-t (Katolikus Orvosegyesületek Nemzetközi Szövetsége). Ezt követte az Európai, és a többi földrészek szövetségeinek kialakulása.

1930.ban a Szent Imre jubileum év alkalmából Budapesten rendeztek egy nemzetközi szexuál-etikai kongressszust, melynek nagy sikere nyomán alakult meg Magyarországon 1931-ben Szent Lukács napján – ami akkor vasárnapra esett – a Magyar Katolikus Orvosok Szent Lukács Egyesületét. Az egyesület megalapításában dr. Leskó Jenőnek bőrgyógyász főorvosnak nagy érdemei voltak. Az Irgalmas Rend fontos tanácsadója és a budai kórház fellegvára volt az Egyesületnek, de maga az egyesület a Márta Betegápoló Nővérek székházában működött.

A kommunista “fordulat évét” követően az állam – a hasonló, vallási-erkölcsi alapon működő közösségekhez hasonlóan betiltotta az egyesületet. A vezetői és tagjai mint hasonló más esetben is sokat szenvedtek, fizikailag, lelkileg egyaránt. A rendszerváltozás után 1991-ben alakulhatott újjá az egyesület. Sajnos ez sem ment egyszerűen és gondmentesen. A különböző érdekek, elképzelések, és szándékok, nem csak ennek az egyesületben okoztak már az újraalakuláskor, a rendszerváltás után gondot ezért csak 1993-ban jegyezték be hivatalosan. Ezt követően ismét lehetőség nyílt a nemzetközi szervezetekhez való kapcsolódás. Azaz tagja a FEAMC-nak (Európai Katolikus Orvosegyesületek Szövetesége) Az európai szövetségnek, és a FIAMC-nak (Világ Katolikus Orvosegyesületeinek Szövetsége) a világszövetségnek is.